近年來，馬鞍山市與南京市攜手，創新體制機制，通過建立聯防聯控機制、聯動執法機制、會商交流機制、信息共享機制，高質量推進林長制實施。

聯防聯控，寧馬兩市積極探索長江流域林業管理統一規劃、同步改造、共同管護的新模式，共同編制跨區域森林資源保護規劃，并按照屬地原則分別承擔本區域林業基礎設施建設，開展管理范圍內涉林違法問題整治。

聯動執法，強化重點時段生態保護聯動執法監管，完善聯合執法互督互學長效機制，推進跨區域生態保護執法司法協作;建立了石臼湖一縣三區(當涂縣、馬鞍山市博望區、南京市溧水區、南京市高淳區)流域交界水體聯合執法機制，每年組織開展一次聯合檢查并通報結果。

會商交流，建立兩地跨界聯防聯控聯席會議制度，召開了南京市馬鞍山市林業聯防聯治座談會、石臼湖聯管共治工作會議等多個具體事項推進會，并適時召開市級聯合會商會議，交流林長制工作經驗，研究解決困難和問題。

信息共享，共同探索建立森林防火、病蟲害防治、森林資源管理、技術人員交流、重大課題和科研成果等方面的信息交流與共享機制，加強毗鄰地區森林防火設施建設及聯合調度，定期通報蟲情信息，實現監測數據共享。